О проведении референтной лабораторией вирусных болезней птиц исследований в области полногеномного секвенирования

О проведении референтной лабораторией вирусных болезней птиц исследований в области полногеномного секвенирования

7 Апреля 2017
О проведении референтной лабораторией вирусных болезней птиц исследований в области полногеномного секвенирования

В рамках НИР сотрудниками референтной лаборатории вирусных болезней птиц подведомственного Россельхознадзору ФГБУ «Федеральный центр охраны здоровья животных» проводятся разработки методических подходов по выявлению и идентификации патогенов животных. Одним из объектов изучения является ДНК-содержащий вирус инфекционного ларинготрахеита птиц (ИЛТ), который относится к семейству Herpesviridae, обладает крупным геномом (150-170 тыс.п.н.). Высокая консервативность ДНК-вирусов значительно затрудняет их дифференциацию. Однако возможно появление значимых структурных изменений в процессе репликации за счет дупликации повторяющихся геномных элементов. В случае выявления подобных изменений необходимо проводить проверку с использованием других методов молекулярной биологии.

При проведении экспериментальных исследований в лаборатории был использован изолят вируса ИЛТ, выделенный на территории Пензенской области в 2013 от кур с респираторной патологией. Выделенный вирус был культивирован на развивающихся куриных эмбрионах (возраст 9-11 дней). Вирулентные свойства вируса были установлены путем заражения восприимчивых птиц (биопроба). Секвенирование вирусного генома осуществлялось с использованием высокопроизводительного генетического анализатора. Для обработки полученных результатов использовали комплекс программ для сборки De Novo и картирования на эталонную последовательность. В результате работы была получена нуклеотидная последовательность размером 153 тыс.п.н. Первичный сравнительный анализ показал, что исследованный изолят оказался близок к группе изолятов, выделенных в Италии во время вспышек болезни в промышленном птицеводстве в 1980 году. Генетически родственные вирусы ИЛТ были выявлены и в последующие годы, и степень их распространения на сегодняшний день не определена. Ряд выявленных отличий исследованного изолята требует проведения дальнейшего анализа полученных данных и дополнительных исследований, что обусловлено генетическими особенностями вируса. 

Поделиться: